A méregtelenítés tünetei intenzitásukban változóak, függ a diéta vagy kúra időtartamától, a szervezet egészségi állapotától, valamint attól, hogy mennyire radikális módszerekhez folyamodunk. Ha valaki rendszeresen dohányzik, kávét vagy alkoholt fogyaszt, akkor az illető szer, anyag megvonása elvonási tüneteket okoz. Ilyenkor a fejfájástól az émelygésen át egészen a rosszullétig bármilyen tünet megjelenhet. Éppen ezért a méregtelenítés megkezdése előtt egy idővel ajánlott fokozatosan csökkenteni az adagokat. A szervezetet így nem fogja sokkhatásként érni az anyag (nikotin, koffein, alkohol) teljes megvonása.
A méregtelenítés tünetei lehetnek a hidegrázás, hányinger, izom- és ízületi fájdalmak, hasmenés, hasfájás. Bőrkiütések jelennek meg, valamint erős testszag is kísérheti a méregtelenítést.
Az élelmiszer- vagy más allergiában, illetve egyéb akut vagy krónikus betegégben szenvedők feltétlenül konzultáljanak orvosukkal, mert a méreganyagokkal együtt az antihisztamin és más gyógyszerek is kiürülnek a szervezetből, ami a betegség súlyosbodásához vezethet. Mivel sok méregtelenítő szer, étrendkiegészítő stb. rendszerint hashajtót tartalmaz, a méregtelenítés tünetei fokozódnak, azok hosszú távú alkalmazása bélrenyheséget és más emésztőszervi panaszokat okozhat.
Ha nem fogyasztunk kellő mennyiségű folyadékot, nem pótoljuk a vitaminokat, ásványi anyagokat és más nélkülözhetetlen tápanyagot, akkor kiszáradásra, súlyos vitaminhiányos állapotra, az immunrendszer meggyengülésére, és következésképpen betegségek kialakulására számíthatunk. A méregtelenítés tünetei mindenkit érintenek, aki szervezete megtisztítását tűzte ki célul, ám megfelelő módszerekkel azok enyhíthetőek.